Cierto, el substrato cuando lleva algún tiempo sumergido, cuando se saca del agua, huele a cieno.
Lo de atar las piedras, es muy buena idea, pero procura que no sean calizas, para que no se dispare el pH, si esto ocurriese, podrias tener serios problemas con el agua.
Para saber si las piedras a usar son buenas, les pones por encima (en seco) unas gotas de limon, vinagre puro de vino o salfuman, si hace espuma, yá las puedes deshechar, si no hacen nada, son buenas y no darán ningún problema.
http://galeon.hispavista.com/pedrastoc/img/ROCALLA Si pones piedras tipo rocalla agujereada, favorecerá que las plantas se enraicen mejor, de paso que en los agujeros se formen bacterias nitrificantes.